[tunbo]

Lịch sử chùa Thiên Mụ và lịch sử xây dựng Kinh thành Phú Xuân (Huế) đã quyện lấy nhau rất mật thiết. Nếu coi "huyền thoại Thiên Mụ" là bản "dự thảo" kế hoạch lâu dài của Nguyễn Hoàng, thì sau này, rõ ràng các chúa Nguyễn đời sau đã thực hiện kế hoạch ấy từng bước khá chặt chẽ.
Từ khi Nguyễn Hoàng dựng lại chùa năm 1601, trải qua các đời chúa, vua Nguyễn đời sau, chùa không phải được xây dựng bởi cái tâm nguyện truyền bá Phật giáo, mà sự xuất hiện của ngôi chùa lại cho thấy cái phần Phật giáo đóng góp vào tinh thần dân tộc. Bản thân Nguyễn Hoàng không phải là người ái mộ đạo Phật từ bi. Ông ta cho dựng lại chùa, chủ yếu nằm trong chí hướng "trấn yểm để thu góp khí thiêng cho cuộc đất Thuận Hóa" - như lời trong huyền thoại Thiên Mụ. Ông ta dựng chùa tại một địa điểm đắc địa về phong thủy, trên ngọn đồi có cấu tạo đặc biệt về sự phối hợp giữa sông núi và phong cảnh, xong rồi để đấy, thờ tự ra sao, ai trụ trì, lễ lượt như thế nào,... sử sách sau đó không hề nói tới. Ba năm liên tiếp sau khi làm lại chùa, tổ chức đại lễ, nhưng 12 năm sau đó, cho tới khi Nguyễn Hoàng mất, không có sách nào chép về việc ông ta có quay lại chùa, hoặc trùng tu chùa hay không (Nên nhớ, khi đó thủ phủ của Nguyễn Hoàng đang còn ở ngoài đất Quảng Trị hiện nay, chứ chưa phải là Huế, tận năm 1613, sau khi nối ngôi chúa, Nguyễn Phúc Nguyên mới dời lỵ sở lần đầu từ Ái Tử vào Trà Bát, và còn thêm vài lần dời đổi, mất gần chín chục năm sau nữa, thủ phủ Đàng Trong mới được đặt tại Huế bây giờ - gần chùa Thiên Mụ)

Qua gần 50 năm từ khi Nguyễn Hoàng xây lại chùa, sử sách hầu như không nói tới chùa Thiên Mụ (đời hai vị chúa kế tiếp Nguyễn Hoàng, là Nguyễn Phúc Nguyên, Nguyễn Phúc Lan). Đến đời chúa tiếp theo là Nguyễn Phúc Tần, năm 1665 mới cho tu sửa chùa. Năm 1687, chúa Nguyễn Phúc Thái (Nguyễn Phúc Trăn) dời đô về Phú Xuân, lúc này công cuộc hoạch định của Nguyễn Hoàng khi xưa coi như đã hoàn thành. Tuy nhiên mấy đời này, các vị chúa Nguyễn thường phải lo việc binh đao với Đàng Ngoài, nên hầu như không quan tâm nhiều đến chùa chiền, đến đời Nguyễn Phúc Chu, ông ta lại là người quan tâm nhiều đến Phật giáo, thời gian ông này tại vị, có nhiều vị hòa thượng Trung Hoa được mời đến các chùa ở Phú Xuân, trong đó có chùa Thiên Mụ.
Đến năm 1714, sau gần 20 năm ngồi trên ngôi chúa, Nguyễn Phúc Chu cho tu sửa lại chùa Thiên Mụ , làm mới thành một ngôi chùa to lớn hơn nhiều, và gọi là Thiên Mụ Thiền Tự. Việc sửa chữa, xây dựng lại chùa lần này, còn được ghi lại, và hiện vẫn còn trên tấm bia đá lớn tại chùa, trong đó có một đoạn (lời dịch) lời chúa Nguyễn Phúc Chu :
"...Quyên góp ngọc ngà, chẳng tiếc vàng bạc; hễ luật nước đã truyền, công việc xây dựng lâu đài cung điện do quân lính đảm trách chẳng sợ lao nhọc, đến cùng lực có toàn dân giúp sức, cũng chẳng sợ năm tháng kéo dài ..."

Cũng theo lời văn bia của chúa Nguyễn Phúc Chu, người ta cho rằng, toàn bộ đỉnh đồi Hà Khê đã được quân lính san thành mặt bằng vào năm 1714 này, và có thể họ đã sửa sang từ bờ sông, bến nước cho đến các tầng bậc xung quanh đồi. Lần tu sửa, làm mới này, đã tạo nên một ngôi chùa lớn tuyệt đẹp với nhiều nhà cửa, điện đài rực rỡ.

Từ đó về sau, đến khi chúa Nguyễn Phúc Thuần bôn tẩu vào Nam, chùa không được tu sửa thêm nữa. Thời gian quân Trịnh chiếm đóng Phú Xuân, rồi thời nhà Tây Sơn đóng đô tại đây, chủ yếu lo việc binh đao, chùa càng xuống cấp, hoang phế.
Năm 1802, Gia Long lên ngôi vua, tuy về cơ bản, ông ta không phải người theo Phật giáo, nhưng Gia Long vẫn lưu ý đến chùa Thiên Mụ, năm 1803 ông ta có làm lễ cầu siêu cho binh sĩ tử trận tại chùa - lúc này gần như đã thành hoang phế, dấu tích huy hoàng thời chúa Nguyễn Phúc Chu xây lại chùa gần như biến mất hết. Tuy nhiên, nhờ vào những may mắn hy hữu, có người còn nghi nhớ được các dấu vết cũ của các điện, đài, năm 1815, Gia Long đã cho dựng lại một lần nữa ngôi chùa Thiên Mụ, dựng lại trên đúng các nền cũ từ thời Nguyễn Phúc Chu năm 1714. Và cũng từ đợt xây lại chùa năm 1815 này, Gia Long đã cho đúc thêm một quả chuông, và tiếng chuông chùa ngày nay, cũng chính là tiếng chuông chùa đã vang lên từ năm 1815 đó.

Năm 1841, vua Thiệu Trị lên ngôi, năm 1844 ông đã cho xây tháp Phước Duyên , và sửa chữa chùa Thiên Mụ rất nhiều. Thực ra, ý tưởng xây tháp là của vua Minh Mạng - một ông vua đã cho xây dựng lên rất nhiều công trình kiến trúc vừa vĩ đại, vừa mỹ thuật trong thời kỳ ông ta trị vì. Tuy nhiên, ông ta không kịp thực hiện việc xây tháp Phước Duyên, thì đã mất.

Tự Đức lên ngôi lâu mà chưa có con, ông ta cho rằng đó là do ... trời phạt mình, nên ra lệnh cấm, không được phạm vào mấy chữ Thiên, Địa (năm 1862), vì thế, từ năm ấy, chùa được gọi là Linh Mụ, tuy nhiên sau một thời gian, vua vẫn không có con, nên trong dân chúng, người ta lại gọi chùa là Thiên Mụ, và từ đó đến nay, chùa có hai cái tên vậy.

Năm Thành Thái thứ 16 - 1904 - một trận bão rất lớn đi ngang Kinh thành Huế đã làm hư, sụp một số công trình trong khuôn viên chùa, nhưng mãi 2 năm sau, vua Thành Thái mới lệnh tu sửa chùa, và thực tế là đến năm 1907 chùa mới được thực sự tu sửa.
Năm 1908, tháp Phước Duyên bị hư hại do sét đánh, nên có được tu bổ lại.
Suốt thời kỳ các triều Khải Định, Bảo Đại, chùa không được tu sửa, trở nên hoang phế, nhưng vẫn có tăng chúng ở chùa.
Năm 1947, quân Pháp chiếm đóng chùa Thiên Mụ một thời gian, chúng đã phá cửa chùa, chẻ tạng Kinh khắc trên gỗ để dùng làm củi đốt.
Năm 1958, chùa được đại trùng tu, do Viện Bảo tồn cổ tích thời đó thực hiện. Tuy những người làm công tác bảo tồn hồi 1958 đã hết sức cố gắng phục dựng lại để giữ vẻ cổ kính của ngôi chùa, nhưng vì nhiều điều kiện khách quan, người ta vẫn phải dùng nhiều xi măng cốt thép thay cho gỗ.